Pääradan välityskyvyssä on vakavia puutteita Tampereen ja Seinäjoen välisellä osuudella. Radassa on pehmeikköjä, jotka rajoittavat akselipainoja ja ajonopeuksia. Pehmeikköjen parantamista on suunniteltu, mutta toimenpiteiden toteuttamisesta ei ole päätöksiä. Lisäksi yksiraiteisuus aiheuttaa liikenteelle merkittäviä viivästyksiä.  

Suurin osa kohtaamisista sijoittuu liikennepaikkaväleille Karhejärvi—Vahojärvi ja Ratikylä—Ylivalli. Kohtaamisongelmat voidaan poistaa lähes kokonaan kyseisille väleille sijoitettavilla kaksoisraideosuuksilla. Tarvittavien kaksoisraideosuuksien tarkempi kohdentaminen edellyttää aluksi aluevaraussuunnitelman laatimista.  

Samalla olisi suunniteltava Seinäjoki—Vaasa-radalle parannussuunnitelma, jolla 76 kilometrin pituisen radan nopeus voitaisiin nostaa nykyisestä 120 km:stä/h 160km:iin/h ja lyhentää matka-aika puoleen tuntiin. Nopeuden nosto vaatisi ylikäytävien poistoa ja radan peruskorjausta. Sähköistyksen jälkeen ovat matkustajaliikenteen matkustajamäärät nousseet todella nopeasti.