Ruokavirasto on kuluneiden vuosien aikana useasti esittänyt maa- ja metsätalousministeriön maksuasetukseen hintojen nostoja maksullisista suoritteista tasolle, jolla toiminta vastaisi kustannuksia. Esitykset on hylätty. Nykytila on kuitenkin valtion maksuperustelain 6 §:n vastainen, sillä julkisoikeudellisesta suoritteesta valtiolle perittävän maksun suuruuden tulee vastata suoritteen tuottamisesta valtiolle aiheutuvien kokonaiskustannusten määrää (omakustannusarvo).  

Kustannukset ovat nousseet jatkuvasti, ja alijäämäisyys kyseisissä suoritteissa kasvaa jatkuvasti. Käytännössä Ruokavirasto joutuu käyttämään näihin toimintoihin budjettivarojaan. Täten viraston toimintamenoilla tuetaan piiloisesti tiettyjen toimijaryhmien yritystoimintaa. Tämä epäsuora tuki on useita miljoonia eroja vuosittain (4,7 milj. euroa vuonna 2021). Esimerkkinä tästä ovat lihantarkastukset, joiden hinta on tällä hetkellä keinotekoisen alhainen. 

Yritystukien on oltava läpinäkyviä ja EU-lainsäädännön mukaisia myös esimerkiksi lihantarkastuksen osalta, joka on esimerkki keinotekoisen alhaisesta hinnoittelusta. Tämä velvoite tulee suoraan laista, eikä sitä voida ohittaa esimerkiksi hallitusohjelmakirjaukseen tai maatalouden kannattavuustilanteeseen vetoamalla ilman lakimuutosta.  

Kokonaisuudessaan piilotuki huonontaa merkittävästi Ruokaviraston taloustilannetta, joka on muutenkin tiukka. Virasto on tehnyt useana vuonna peräkkäin alijäämää, ja henkilöstön kanssa joudutaan mahdollisesti yt-neuvotteluihin. Viraston henkilökunnan työsuhteiden jatkumisella ja heidän tekemällään arvokkaalla työllä ei voi maksattaa piiloista, lainvastaista tukea muun muassa lihantuotannolle. Ruokaviraston rooli huoltovarmuuden turvaamisessa ja sen vaatimien tehtävien hoitamisessa ei saa vaarantua siksi, että tähän työhön budjetoidut varat valuvatkin piilotukina virastosta ulos.