Vuoden 2000 alusta tuli voimaan laki rakennerahasto-ohjelmien kansallisesta hallinnoinnista (1353/1999). INTERREG- ja URBAN-yhteisöaloiteohjelmien osalta lain 1 a §:ään on jäänyt virheellinen viittaus siitä, että tarkastusviranomaisen tarkastusoikeutta koskevaa lain 29 §:ää ei sovellettaisi mainittuihin ohjelmiin. Koska lain 7 §:n 2 momentissa nimenomaan tarkoitetaan, että mainittua 29 §:ää sovelletaan soveltuvin osin myös INTERREG- ja URBAN-ohjelmiin, tämä epätietoisuutta aiheuttanut ristiriita on syytä poistaa.

Rakennerahastolain 4 §:ssä on alueellisiksi rakennerahasto-ohjelmiksi määritelty ainoastaan tavoite 1 ja tavoite 2 -ohjelmat. Vuoden 2003 alusta voimaan tulevan uuden alueiden kehittämislain (602/2002) 3 §:n 1 momentin 2 kohdan mukaan alueellisilla rakennerahasto-ohjelmilla tarkoitetaan Euroopan yhteisön tavoitteita 1 ja 2 koskevien ohjelmien lisäksi INTERREG- ja URBAN-yhteisöaloiteohjelmia sekä Euroopan aluekehitysrahaston innovatiivisia toimia koskevia ohjelmia ja teknisen avun toimia. Uutta alueiden kehittämislakia toimeenpantaessa ja sovellettaessa olisi ohjelmahierarkian ja selkeyden vuoksi tarpeellista, että kahden keskeisen lain rinnakkaiset määritelmät eivät olisi keskenään ristiriitaisia. Tämän vuoksi rakennerahastolain 4 §:n 9 kohdan määritelmää on tarpeen täydentää samansisältöiseksi alueiden kehittämislain säädöksen kanssa.

Rakennerahastolain 21 a §:n mukaan INTERREG- ja URBAN-yhteisöaloiteohjelman toimeenpanoa varten on hallintokomitea, jonka asettaa sisäasiainministeriö. Hallintokomitean toimikausi jatkuu, kunnes Euroopan yhteisöjen komissio on hyväksynyt yleisasetuksen 37 artiklassa tarkoitetun lopullisen täytäntöönpanokertomuksen.

Hallintokomitea suuntaa ja sovittaa yhteen rakennerahastojen ja kansallista rahoitusta. Lisäksi se antaa lausunnon hankkeiden soveltuvuudesta INTERREG- ja URBAN-yhteisöaloiteohjelmiin ja niiden rahoittamisesta. Hankkeelle ei voida myöntää tukea, ellei hallintokomitea ole puoltanut hankkeen rahoittamista.

Rakennerahasto-ohjelmien kansallisesta hallinnoinnista annetun lain 21 b §:n mukaan hallintokomitean päätökset tehdään yksimielisesti. Hallintokomitean kannanottoa koskeviin päätöksiin ei voida erikseen hakea muutosta valittamalla.

Hallintokomitean päätöksissä edellytetty yksimielisyys voi johtaa tilanteeseen, jossa hallintokomitean yksittäinen jäsen voi kielteisellä kannanotollaan ehkäistä minkä tahansa hankehakemuksen etenemisen. Seurauksena saattaa olla hankkeiden käsittelyn viivästyminen ja jopa niiden kariutuminen. Tällainen tilanne ei ole hyvä yhteisöaloitteiden tehokkaan ja tuloksellisen toteuttamisen kannalta.

Rakennerahastolain 20 §:n 3 momentin mukaan yksimielisyyden edellyttäminen ei koske maakunnan yhteistyöryhmän (MYR) päätöksentekoa. Asianomaisen momentin mukaan, mikäli maakunnan yhteistyöryhmän kokouksissa ei saavuteta yksimielisyyttä, päätökseksi tulee mielipide, jota kaksi kolmannesta äänestäneistä on kannattanut.

Hallintokomitean tehokkaan toiminnan turvaamiseksi on tarpeen muuttaa rakennerahasto-ohjelmien kansallisesta hallinnoinnista annetun lain 21 b §:ää siten, että kokouksissa mahdollistetaan äänestysmenettely vastaavasti, kuten maakunnan yhteistyöryhmän päätöksenteosta on säädetty.

Eduskunnan hallintovaliokunta on mietinnössään (HaVM 19/2000 vp hallituksen esityksestä laiksi rakennerahasto-ohjelmien kansallisesta hallinnosta annetun lain muuttamisesta) perustellut yksimielisyyden edellyttämistä seuraavasti: "Lakiehdotuksen 21 b §:n 2 momentti tulee lisäksi sovellettavaksi myös sellaisissa INTERREG-ohjelmissa, joita toteutetaan usean jäsenvaltion alueella, jolloin hallintokomitean jäseninä olisi myös toisten valtioiden kansalaisia. Yksimielinen päätöksenteko hallintokomiteassa on omiaan korostamaan eri valtioiden näkemysten tasapuolista huomioon ottamista päätöksenteossa." Tästä syystä voidaan yksimielisyyden edellyttämistä päätöksenteossa pitää edelleenkin perusteltuna niiden INTERREG-ohjelmien hallintokomiteoissa, joita toteutetaan usean jäsenvaltion alueella.