Kouluilla ja yksittäisillä opettajilla on merkittävä vaikutus lasten arvomaailman ja maailmankatsomuksen rakentumiselle. Kouluissa tulee kuitenkin kunnioittaa vanhempien ensisijaista oikeutta päättää lastensa kasvatukseen ja vakaumukseen liittyvistä seikoista. Monissa kouluissa hyödynnetään sukupuoli- ja seksuaaliteemojen opetuksessa Seta ry:n materiaaleja sekä kouluttajia ja jopa Setan järjestämiä työpajoja. Seta järjestää lisäksi koulutuksia opettajille. Setan hyödyntämiseen liittyy monia laillisia ja periaatteellisia ongelmia, joiden vuoksi Seta ry:n, sen kouluttajien sekä materiaalien hyödyntäminen osana opetusta tulisi kieltää. 

Seksuaalisuuteen, kehitykseen ja sukupuoleen liittyvät teemat ovat erittäin herkkiä kasvuikäisille nuorille, joiden oma identiteetti on vasta muotoutumassa. Niihin liittyy biologisten faktojen lisäksi erilaisia mielipiteitä, vakaumuksia ja arvoja. Siksi myös niistä opetettaessa tulee kiinnittää erityistä huomiota opetuksen neutraaliuteen ja riippumattomuuteen sekä siihen, että jokaisen perheen vakaumukseen suhtaudutaan kunnioituksella. Seta on vahvasti katsomuksellinen etujärjestö, jonka toiminta ja agenda ei ole puolueetonta tai neutraalia. Esimerkkeinä tästä ovat Setan poliittinen ohjelma nykylainsäädännön vastaisine tavoitteineen sekä Setan suhtautuminen eri tavalla ajatteleviin jakamalla heille julkiseen häpäisemiseen tähtääviä Kunniarotta-palkintoja. 

Setan kouluttajien hyödyntäminen on ristiriidassa niin Suomen lainsäädännön kuin kansainvälisten sopimustenkin kanssa. Perusopetuslain (628/1998) 14 §:n nojalla opetuksen valtakunnallisista tavoitteista ja perusopetuksen tuntijaosta annetun asetuksen (422/2012) 3 §:n 3 momentin mukaan perusopetuksessa edellytetään, että opetettava tieto perustuu tieteelliseen tietoon. Opetuksessa voidaan toki käsitellä kiistanalaisia aiheita, mikäli opetus on neutraalia ja siinä tuodaan erilaisia näkökulmia tasapuolisesti esiin. 

Koska perusopetuksen opetussuunnitelmien perusteissa edellytetään, että kasvatus ja opetus on lapsia ja oppilaita katsomuksellisesti ja puoluepoliittisesti sitouttamatonta, myös opetuksen tukena tulisi käyttää ainoastaan tahoja, jotka sitoutuvat tähän. Myöskään Euroopan ihmisoikeustuomioistuimen ratkaisukäytännön mukaan opetus ei saa olla indoktrinoivaa. Perusopetuslain 3 §:n 2 momentin mukaan opetuksen tulee edistää oppilaiden tervettä kasvua ja kehitystä. Esimerkiksi tunteisiin perustuvan sukupuolikäsityksen sekä seksuaali- ja sukupuolivähemmistöihin kuulumisen ylikorostaminen voi aiheuttaa etenkin murrosikäisille nuorille hämmennystä ja näkyy nyt Suomessakin räjähdysmäisesti lisääntyneenä sukupuolidysforiana. Nuorisopsykiatrian, professori ja transtutkimuksista vastaavan TAYS:n nuortenpolin ylilääkäri Riittakerttu Kaltialan mukaan valtaosa kehitysikäisten sukupuoliahdistuksesta tänä päivänä liittyy ahdistuneisuuteen yleensä eikä tarkoita sitä, että sukupuoleen kohdistuvat interventiot olisivat nuoren etu. 

Perustuslaki puolestaan takaa kaikille uskonnon ja omantunnon vapauden (11 §). Lainkohta ei koske ainoastaan uskonnonopetusta, sillä opetuksessa ja kasvatuksessa tulee "yleisestikin kunnioittaa yksilön vakaumusta, lapsen oikeuksia ja huoltajan oikeutta vastata lapsen kehityksestä" (HE 309/1993 vp, s. 56). Perustuslain 22 §:n mukaan julkisen vallan tehtävänä on turvata myös tämän oikeuden toteutuminen. Euroopan ihmisoikeussopimuksen 1. lisäpöytäkirjan 2 artikla määrää, että valtion tulee kunnioittaa vanhempien oikeutta varmistaa lapsilleen heidän omien uskonnollisten ja aatteellisten vakaumustensa mukainen kasvatus ja opetus. Opetuksessa tulee muutoinkin olla yhteistyössä kotien kanssa (Perusopetuslaki 3 §). 

Lasten oikeuksien sopimuksessa (14 artikla) todetaan, että lapsella on oikeus ajatuksen-, omantunnon- ja uskonnonvapauteen, ja että valtion tulee kunnioittaa vanhempien oikeutta antaa lapselle ohjausta hänen oikeutensa käyttämisessä lapsen kehitystaso huomioiden. Artiklan 18 mukaan "sopimusvaltiot pyrkivät parhaansa mukaan takaamaan sen periaatteen tunnustamisen, että vanhemmat vastaavat yhteisesti lapsen kasvatuksesta ja kehityksestä. Vanhemmilla tai tapauksesta riippuen laillisilla huoltajilla ja holhoojilla on ensisijainen vastuu lapsen kasvatuksesta ja kehityksestä." 

Koulujen tehtävä on taata jokaiselle oppilaalle turvallinen oppimisympäristö. Siihen sisältyy alaikäisten suojeleminen kaikelta epäasialliselta, ikätasoon sopimattomalta tai vahingolliselta materiaalilta sekä ideologisesti värittyneeltä seksuaalikasvatukselta. Jotta lain vaatimukset ja vanhempien oikeudet voivat toteutua, Seta ry:n kouluvierailut, kouluttajien hyödyntäminen, mukaan lukien opettajille suunnatut koulutukset, sekä työpajat tulisi yksiselitteisesti kieltää kokonaan. Huoltajille tulee taata mahdollisuus kieltää lastensa osallistuminen heidän vakaumuksensa vastaiseen toimintaan. Lisäksi koulujen tulee turvata lasten ja nuorten koskemattomuus ja turvallisuus siten, että osana seksuaalivalistusta lapsia ei altisteta minkäänlaiselle graafiselle, kirjalliselle tai suulliselle seksuaaliselle häirinnällä kirjojen, videoiden tai muun ikätasoon sopimattoman materiaalin välityksellä. Myös koululaisten saataville asetettavien kirjojen valinnassa tulisi noudattaa erityistä harkintaa. Esimerkiksi kaikkiin yläkouluihin jaetussa seksuaalisuutta käsittelevässä Respektiä-kirjassa on räikeästi lapsille sopimatonta vahingollista sisältöä. Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) mukaan "seksuaalisella häirinnällä tarkoitetaan yleisesti sanallista, sanatonta tai fyysistä, luonteeltaan seksuaalista ei-toivottua käytöstä, jolla tarkoituksellisesti ja/tai tosiasiallisesti loukataan henkilön henkistä tai fyysistä koskemattomuutta. Seksuaalisen kuvamateriaalin lähettäminen lapselle on seksuaalista häirintää ja se saattaa täyttää myös rikoksen tunnusmerkistön". Useat kyseisen kirjan ilmaisut täyttävät häirinnän kriteerit. Niiden noudattaminen, kuten alastonkuvien ottaminen, altistavat lapset vakavalle vaaralle. Lisäksi kyseessä on suojaikärajaa nuoremmille lapsille lähetetystä seksuaalissävytteisestä materiaalista.