Varhaiskasvatuksessa ja peruskoulussa tulee kunnioittaa vanhempien ensisijaista oikeutta päättää lastensa kasvatukseen ja vakaumukseen liittyvistä seikoista. Seksuaalisuus ja sukupuoli ovat teemoja, joihin liittyy biologisen tieteen eli tosiasioiden lisäksi erilaisia ideologioita, mielipiteitä, vakaumuksia ja arvoja. Kun näitä teemoja käsitellään koulussa, tulisi kiinnittää erityistä huomiota opetuksen neutraaliuteen ja riippumattomuuteen sekä erilaisten näkemysten kunnioittamiseen. 

Perusopetuksen opetussuunnitelman perusteissa edellytetään, että kasvatus ja opetus on katsomuksellisesti ja puoluepoliittisesti sitouttamatonta. Euroopan ihmisoikeustuomioistuimen ratkaisukäytännön mukaan opetus ei saa olla indoktrinoivaa. Tämä tarkoittaa sitä, että opetuksessa nostetaan esiin erilaisia näkökulmia, lapsia ei ohjailla hyväksymään tiettyä näkemystä ja opetuksessa kannustetaan kriittiseen arviointiin. Tästä huolimatta joissain kouluissa hyödynnetään sukupuoli- ja seksuaaliteemojen opetuksessa esimerkiksi Seta ry:n kouluttajia sekä Setan järjestämiä työpajoja. Seta on katsomuksellinen etujärjestö, jonka materiaalien sisältö ei ole neutraalia. Järjestön tavoitteena on ajaa poliittisia ja yhteiskunnallisia muutoksia. 

Euroopan ihmisoikeussopimuksen 1. lisäpöytäkirjan 2 artikla määrää, että valtion tulee kunnioittaa vanhempien oikeutta varmistaa lapsilleen heidän omien uskonnollisten ja aatteellisten vakaumustensa mukainen kasvatus ja opetus. Opetuksessa tulee olla yhteistyössä kotien kanssa (perusopetuslaki, 3 §). Lapsen oikeuksien sopimuksessa (14 artikla) todetaan, että lapsella on oikeus ajatuksen-, omantunnon- ja uskonnonvapauteen ja että valtion tulee kunnioittaa vanhempien oikeutta antaa lapselle ohjausta hänen oikeutensa käyttämisessä lapsen kehitystaso huomioiden.