Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus Fimea ylläpitää valtakunnallista lääkkeiden haittavaikutusrekisteriä. Kyseiseen rekisteriin tallennetaan myös rokotteiden ja rokotusten haittavaikutuksia koskevat ilmoitukset. Haittavaikutusilmoituksen rokotehaitasta voi tehdä Fimealle terveydenhuollon ammattilainen tai rokotettu itse. 

Suomessa kaikki kansallisessa rokotusohjelmassa käytettävät rokotteet, mukaan lukien koronapandemiassa käytetyt rokotteet, kuuluvat Suomen Keskinäisen Lääkevahinkovakuutusyhtiön vakuutuksen piiriin. Lisäksi Suomessa käytössä olevien rokotteiden valmistajat, maahantuojat ja markkinoijat ovat myös yleensä liittyneet vapaaehtoiseen lääkevahinkovakuutukseen, joka korvaa rokotevalmisteen aiheuttamia äkillisiä ja yllättäviä henkilövahinkoja. 

Suomen Keskinäiselle Lääkevahinkokeskukselle oli tammikuun 2024 loppuun mennessä tehty 2 650 vahinkoilmoitusta koronarokotteista, joista on annettu 778 myönteistä päätöstä ja 1 656 kielteistä päätöstä. Lisäksi 216 tapausta oli vielä käsittelyssä. 

Moni kansalainen on huolissaan siitä, ettei koronarokotteista aiheutuneita pitkäaikaisia haittoja tunnisteta terveydenhuollossa riittävän hyvin. Riippumatta mahdollisista korvauksista moni pitkäaikaisista rokotehaitoista kärsivä joutuu elämään heikentyneen terveydentilan kanssa mahdollisesti loppuelämän.