Musiikkiterapeuttia ei ole rekisteröity terveydenhuollon viralliseksi ammattinimikkeeksi, mikä johtaa haastaviin tilanteisiin esimerkiksi potilaan tietosuojan suhteen. 

Musiikkiterapeutit, joilla on myös terveydenhuollon tutkinto, voivat hakea ja saada toiminnalleen yksityisestä terveydenhuollosta annetun lain mukaisen luvan tai ilmoituksen. Tämän perusteella heillä on potilaan asemasta ja oikeuksista annetun lain 12 pykälän mukainen velvollisuus laatia ja säilyttää potilasasiakirjat toiminnastaan.  

EU:n yleisen tietosuoja-asetuksen mukaan potilastiedot ovat terveystietoina erityisen henkilötietoryhmän tietoja. Asetuksen 9 artiklan mukaisesti näiden tietojen käsittely voi olla sallittua mm. h-alakohdan mukaisesti terveydenhuollossa jäsenvaltion lainsäädännön, kuten potilaslain, perusteella tai terveydenhuollon ammattihenkilön kanssa tehdyn sopimuksen perusteella. 

Musiikkiterapeutit eivät kuitenkaan aina ole terveydenhuollon ammattilaisia, jolloin heillä ei välttämättä ole terveydenhuollon toimijan potilaslain mukaista asiakirjojen laatimis- ja säilytysvelvollisuutta. Tietosuoja-asetus ei siis sovellu heihin ja heidän antamaansa hoitoon.  

Esimerkiksi Kela ja kunnat ostavat musiikkiterapiaa terapeutin koulutustaustasta riippumatta. Muiden kuin terveydenhuollon ammattihenkilöiden antama hoito ei kuulu lakisääteisen potilasvakuutuksen piiriin. 

Musiikkiterapeuteille koulutetaan jonkin verran potilastietojen käsittelyä. Käytännössä he laativatkin asiakirjat samalla tavalla kuin terveydenhuollon ammattihenkilöt ja käyttävät potilastietojärjestelmiä. Viranomainen ei kuitenkaan toimintaa valvo. 

Sama ongelma on ratkaistu esimerkiksi psykoterapeuttien kohdalla suojaamalla terveydenhuollon ammattinimike. Myös heidät koulutetaan yksityisesti.