STM:n lääkinnällisen kuntoutuksen apuvälineasetuksen muistiossa (19.12.2011) todetaan, että fyysisesti vammaiselle henkilölle voidaan myöntää avustajakoira apuvälineeksi sairaanhoitopiirien myöntämiskäytännöissä.  Avustajakoirien luovutus perustuu julkisessa terveydenhuollossa tehtyyn moniammatilliseen kuntoutussuunnitelmaan tai hoitavan lääkärin laatimaan B-lausuntoon hakijan terveydentilasta ja toimintakyvystä. 
Vammaisryhmien välistä syrjintää tapahtuu tällä hetkellä kolmesta syystä. Ensinnäkin sosiaali- ja terveysjärjestöjen avustuskeskus (STEA) ja yksityiset lahjoittajat kustantavat kokonaan fyysisesti vammaisten henkilöiden avustajakoirien hankinnan ja koulutuksen. Näkövammaisten opaskoirat puolestaan kustannetaan pääsääntöisesti sairaanhoitopiirien kautta lääkinnällisen kuntoutuksen apuvälineinä. Näin ollen apuvälineen myöntämiskäytäntö asettaa kaksi vammaisryhmää eriarvoiseen asemaan ja vammaisryhmien välinen yhdenvertaisuus ei toteudu. 
Toiseksi tällä hetkellä avustajakoiria odottaa yli 80 fyysisesti vammaista hakijaa. Avustajakoiria pystytään avustuksilla hankkimaan vain noin 5—6 vuodessa. Avustajakoiran jonotusaika voi olla jopa 10 vuotta, ja on erittäin epäinhimillistä edellyttää, että vammainen joutuu odottamaan päivittäin tarvitsemaansa apuvälinettä jopa 10 vuotta. Vastaavasti näkövammaisten opaskoirat ovat hoitotakuun piirissä ja vammainen henkilö saa käyttöönsä opaskoiran hoitotakuun mukaisesti puolen vuoden sisällä tarpeen havaitsemisesta.  
Kolmanneksi vammaisryhmien välistä syrjintää tapahtuu myös siitä näkökulmasta, kun fyysisesti vammaiset joutuvat itse omilla varoillaan huolehtimaan avustajakoiransa eli päivittäin tarvitsemansa apuvälineen ylläpitokuluista. Tällaisia kuluja ovat esimerkiksi koiran ruoka, koiran hoitotarvikkeet ja -välineet, rokotukset, madotukset ja eläinlääkärikäyntien omavastuut sekä työkoiran vaatima säännöllinen lihashuolto. Nämä kulut voivat nousta avustajakoiran käyttäjän tuloihin nähden suhteettomaan suuriksi, sillä moni avustajakoiraa päivittäisenä apuvälineenä tarvitseva vaikeavammainen henkilö elää pelkän takuueläkkeen varassa. Tämä onkin apuvälineasetuksen vastaista, sillä apuvälineen käytöstä ei saisi muodostua apuvälineen käyttäjälle kustannuksia. 
Avustajakoira on fyysisesti toimintarajoitteisen henkilön apuväline ja henkilökohtainen hyötykoira, ei pelkkä arjen sujuvoittaja. Avustajakoira on yhtä lailla myös turvallisuuden ja itsenäisyyden lisääjä sekä itsenäisen liikkumisen mahdollistaja. Avustajakoiran avulla fyysisesti vammainen henkilö pystyy huolehtimaan paremmin fyysisestä kunnostaan ja sosiaalinen kanssakäyminen lisääntyy. Näin fyysisesti vammainen ihminen pystyy pidempään elämään mahdollisimman itsenäisesti, jolloin ihmisavun tarve vähenee. Tämä taas säästää yhteiskunnan varoja, koska näin henkilö voi selviytyä arjestaan myös ilman laitoshoidon tarvetta omassa kodissa pidempään. Avustajakoira lisää käyttäjänsä turvallisuutta esimerkiksi tukemalla kävelyä, hälyttää apua painamalla hälytyspainiketta tai hakee toisen ihmisen avuksi, jos koiran käyttäjä saa sairauskohtauksen tai vaikkapa kaatuu tai putoaa pyörätuolista tai vuoteesta. Lisääntyneen turvallisuuden ja turvallisuuden tunteen myötä vammainen henkilö pystyy ja uskaltaa liikkua avustajakoiran kanssa kodin ulkopuolella itsenäisemmin, eikä hän näin ollen välttämättä tarvitse henkilökohtaista apua, läheisten tukea tai kuljetuspalvelua liikkuessaan kodin ulkopuolella niin paljon kuin hän tarvitsisi ilman avustajakoiraa. Tutkimusten mukaan avustajakoira lisää olennaisesti käyttäjänsä elämänlaatua ja itsenäisyyttä niin kotona kuin kodin ulkopuolellakin. Lisääntynyt itsenäisyys puolestaan vähentää yhteiskunnan kuluja. 
Apuvälineasetus sekä YK:n vammaissopimuksen 26 artikla edellyttävät, että henkilölle pitää antaa korvauksetta lääketieteelliseen tarpeen arviointiin perustuvat apuvälineet. Apuvälineasetuksen valmistelumuistiossa todetaan, että avustajakoira voidaan myöntää apuvälineenä kuten opaskoirakin. Säädökset eivät estä myöntämästä opaskoiria ja avustajakoiria apuvälineeksi. Yhdenvertaisuuslaki edellyttää, että molempia vammaryhmiä kohdellaan yhdenvertaisesti. Lisäksi Suomen laki kieltää syrjinnän.