Yhteiskunnalliset muutokset, väestörakenteen muutokset ja uskontoihin ja katsomuksiin liittyvät muutokset asettavat kriittisen tarkastelun alaiseksi sen, millä tavoin uskonnoista ja katsomuksista tulisi opettaa julkisen kouluopetuksen piirissä. Suomalainen opetusmalli, joka on vähitellen historiansa aikana kehittynyt kristinuskon ja kristillisen elämäntavan opetuksesta kohti moniuskontoista ja katsomuksellista opetusmallia (joka kuitenkin edelleen sitoutuu kodin katsomukseen ja lähtökohtaisesti jakaa oppilaat erillisiin ryhmiin julkisessa koulussa), kohtaa merkittäviä haasteita yhdenvertaisuuden kannalta. Toisaalta nykymallisessa katsomusaineiden opetuksessa on merkittäviä ansioita, jotka liittyvät esimerkiksi huoltajien ja oppijan katsomustaustan sekä vähemmistöjen oikeuksien huomioimiseen, laadukkaisiin opetussuunnitelmiin sekä useimmissa tapauksissa korkeasti koulutettuihin aineiden opetuksen ammattilaisiin.
Perusopetuksen järjestäjän tulee järjestää oppilaiden enemmistön uskonnon mukaista uskonnon opetusta. Opetus järjestetään tällöin sen mukaan, mihin uskonnolliseen yhdyskuntaan oppilaiden enemmistö kuuluu. Tähän uskonnolliseen yhdyskuntaan kuuluvat oppilaat osallistuvat oman uskontonsa opetukseen. Oppilas, joka ei kuulu tähän uskonnolliseen yhdyskuntaan, voi huoltajan ilmoitettua asiasta perusopetuksen järjestäjälle osallistua mainittuun uskonnonopetukseen.
Perustusopetuslain mukaan vähintään kolmelle evankelisluterilaiseen kirkkoon tai vähintään kolmelle ortodoksiseen kirkkokuntaan kuuluvalle oppilaalle järjestetään heidän oman uskontonsa opetusta. Muihin uskonnollisiin yhdyskuntiin kuuluvalle vähintään kolmelle oppilaalle, jotka eivät osallistu evankelisluterilaiseen tai ortodoksiseen uskonnonopetukseen, järjestetään heidän oman uskontonsa opetusta, jos heidän huoltajansa sitä pyytävät.
Mikäli oppilas ei kuulu uskonnolliseen yhdyskuntaan, hänelle opetetaan elämänkatsomustietoa. Uskonnolliseen yhdyskuntaan kuuluvalle oppilaalle, jolle ei järjestetä hänen oman uskontonsa opetusta, opetetaan huoltajan pyynnöstä elämänkatsomustietoa. Tätä järjestetään, jos opetukseen oikeutettuja oppilaita on vähintään kolme.
Uskonnolliseen yhdyskuntaan kuulumaton oppilas voi huoltajan pyynnöstä osallistua myös sellaiseen perusopetuksen järjestäjän järjestämään uskonnon opetukseen, joka oppilaan saaman kasvatuksen ja kulttuuritaustan perusteella ilmeisesti vastaa hänen uskonnollista katsomustaan.
Nykykäytäntö aiheuttaa ongelmia erityisesti vähemmistöuskontojen opetuksen järjestämisessä pienissä kunnissa ja kaupungeissa. Koulut käyttävät opetuksen järjestämiseen usein erityisjärjestelyjä, kuten eri vuosiluokkien yhdysryhmäopetusta, etäyhteyksiä hyödyntävää opetusta ja oppilaskuljetuksia.
Opetusta järjestetään ainakin osittain yhteisryhmissä, joissa eri uskontojen oppimäärien ja elämänkatsomustiedon oppilaat opiskelevat samoissa ryhmissä. Tällä hetkellä ainakin osittaista yhteisryhmäopetusta on noin joka viidennessä koulussa.
Evankelisluterilainen uskonto on edelleen selvästi suurin katsomusaine (noin 83 % oppilaista) Suomessa. Elämänkatsomustiedon (noin 11 %) ja islamin (noin 3,1 %) oppilasmäärät ovat kasvaneet selvästi viimeisen kymmenen vuoden aikana. Ortodoksisen uskonnon (noin 1,9 %) oppilasmäärät ovat pysyneet suunnilleen samana viime vuosina. Elämänkatsomustiedon oppilasmäärät ovat kasvaneet tasaisesti kaikkialla Suomessa, kun taas islamin kasvu on keskittynyt suuriin kaupunkeihin. Kaupungit ja kunnat joutuvat jatkossa entistä enemmän reagoimaan katsomusaineiden monimuotoisuuteen. Tämä tuo ongelmia sekä lukujärjestysteknisesti että myös rekrytoinnin osalta.
Tiedonkeruu oppilaan katsomuksesta oppilaaksioton yhteydessä on selvästi hyvin kirjavaa eri kaupungeissa ja kunnissa. Tämä asettaa oppilaat eriarvoiseen asemaan, ja varsinkin pienillä paikkakunnilla vähemmistöuskontojen oppilaat eivät välttämättä saa oman uskontonsa opetusta, vaikka he olisivat siihen oikeutettuja. Suosituksena olisikin, että kriteeristö, jota oppilaaksioton yhteydessä pitää kysyä, tulisi keskitetysti kaikkien kuntien käyttöön. Opetushallituksella olisi tässä oma tehtävänsä opastaa kuntia toimimaan lain mukaisesti.
Koulujen erityisjärjestelyt kohdistuvat tiettyihin vähemmistöuskontoihin. Esimerkiksi ortodoksisen uskonnon opetuksessa joudutaan kierrättämään opettajia useilla eri kouluilla, ja tämä vaikuttaa koulujen lukujärjestyksiin sekä opetusjärjestelyihin. Pienryhmiä yhdistellään myös paljon, joten lukujärjestysteknisesti nämä voivat olla kouluille hyvinkin hankalia järjestellä. Pieni osa kouluista on ratkaissut nämä ongelmat sijoittamalla vähemmistöuskontojen oppitunnit normaalin lukujärjestyksen ulkopuolelle, ja osalla kouluista käytetään joko etäyhteyksiä tai kuljetuksia, jotta voidaan yhdistää usean koulun oppilaat yhdeksi ryhmäksi. Yleisin tapa kuitenkin on muodostaa koulun sisällä yhdysryhmiä eri luokka-asteiden välillä. Suurissa kaupungeissa elämänkatsomustiedon opetus ei juurikaan aiheuta ongelmia opetuksen järjestämisessä. Näyttäisi siltä, että kun tietty kriittinen määrä oppilaita on saavutettu, opetus on helpompi sisällyttää osaksi koulun arkea. Pienissä kaupungeissa ja kunnissa elämänkatsomustieto puolestaan aiheuttaa enemmän erityisjärjestelyjä. Näissä ovatkin selvästi syynä pienet oppilasmäärät, mikä vaikeuttaa oppiaineen sijoittamista lukujärjestyksiin sekä pätevien opettajien rekrytointia.
Islamin kasvu suurissa kaupungeissa on nostanut kyseisen uskonnon keskeiseen asemaan erityisjärjestelyjen osalta. Suurissa kaupungeissa ortodoksisen uskonnon lisäksi islamin opetuksessa on lähes yhtä paljon erityisjärjestelyjä. Pienissä kaupungeissa ja kunnissa ei suhteessa ole niin paljon islamiin liittyviä erityisjärjestelyjä. Syynä tähän lienee se, että kyseisen uskonnon opetus onkin keskittynyt toistaiseksi vain suuriin kaupunkeihin.
Opetusta tarjotaan huomattavan paljon yhteisissä ryhmissä. Varsinkin alakoulun puolella opetusta tarjotaan monissa kouluissa yhteisryhmänä, johon osallistuu eri katsomusaineiden oppilaita. Tämä johtunee käytännön järjestelyjen helppoudesta. Luokanopettajan on helppo hoitaa kaikkien katsomusaineiden opetus yhteisryhmässä varsinkin tilanteissa, joissa ryhmässä on evankelisluterilaisen uskonnon oppilaiden lisäksi vain 1—2 muun katsomusaineen oppilasta.
Suomen tapa järjestää katsomusyhteisöjen perusteella eriytettyä opetusta tunnustuksettomasti on eurooppalaisesta näkökulmasta ainutlaatuinen. Suomessa myös valtion rooli on huomattavasti suurempi kuin monissa muissa eriytetyissä katsomusopetuksen malleissa, eivätkä uskonnolliset yhdyskunnat valitse aineen opettajia tai tarkista aineen opetusmateriaaleja.
Kaikissa muissa Pohjoismaissa toteutetaan tavalla tai toisella integroitua eli kaikille oppilaille yhteistä tunnustuksetonta katsomusopetuksen muotoa. Ruotsissa kaikille yhteiseen tunnustuksettomaan opetukseen siirryttiin vuonna 1962, Tanskassa vuonna 1985 ja Norjassa 1997. Ranskassa ei valtion kouluissa ole erillistä uskonnon opetusta lainkaan vaan pelkästään etiikkaa. Muissa Euroopan maissa on tavallista, että opetetaan enemmistön uskontoa ja vaihtoehtona etiikkaa tai ensisijaisesti etiikkaa ja valinnaisena omaa uskontoa. Joissakin maissa uskonnolliset yhteisöt saavat antaa omaa opetustaan koulun tiloissa.
Uskonnon opetuksesta pitäisi siirtyä yhteen yhteiseen yleissivistävään oppiaineeseen. Tämä mahdollistaisi jokaiselle oppilaalle samat lähtökohdat sopeutua yhteiskuntaan, ymmärtää ympäröivää maailmaa ja eri kulttuureja. Uskonnonopetuksen ja yleisen katsomustieteen sijasta parempi malli olisi yksi yhteinen yleissivistävä oppiaine. Sen tarkoituksena olisi opettaa lapsille ja nuorille mm. tunne- ja turvataitoja, moraalikasvatusta ja maailmanuskontoja yleisesti. Yhteinen oppiaine olisi myös siitä hyvä, että se takaisi jokaiselle lapselle ja nuorelle yhdenvertaisesti samanlaiset tiedot ja taidot.