Puruvesi on Saimaan päävirtaamaan nähden erillinen järviallas. Se on yhteydessä muuhun Saimaaseen Punkaharjun kapeiden salmien kautta ja veden vaihtuvuus on hidasta suhteessa muuhun Saimaaseen. Puhtaudestaan ja karuudestaan kansallisesti ja kansainvälisestikin tunnetun Puruveden luonnontilaisuus on jo vuosia ollut uhattuna laaja-alaisen maa- ja metsätalouden maankäytön seurauksena, mikä näkyy monin paikoin alueellisesti vesistön virkistyskäytön heikkenemisenä mm. vesistön nuhraantumisena sekä sinilevien ajoittaisena runsastumisena. 

Noin 77 % Puruveden vesipinta-alasta kuuluu luonnonsuojelullisesti arvokkaaseen Natura-alueeseen. Puruvesi tunnetaan myös SMM -nimisuojan (suojattu maantieteellinen merkintä) saaneesta Puruveden muikustaan. Suomi esitti tammikuussa 2021 Unescon maailmanperintökomitealle Saimaan norppasaaristoja uudeksi luonnonperintökohteeksi Unescon maailmanperintöluetteloon. Suomen hakemus on edennyt hyvin ja tavoitteena on saada alue Maailmanperintöluetteloon luonnonperinnön alalla 2024. Kaavailtuun Unescon luonnonperintöalueeseen sisältyy myös Puruvesi Saimaannorpan itäisimpänä esiintymisalueena.  

Tämän kansallisesti arvokkaan vesistöhelmen suojelemiseksi ja Natura -luontoarvojen turvaamiseksi tarvitaan aktiivisia ponnisteluita vesienhoidon ja -kunnostuksen keinoin. Merkittävä huolenaihe on myös ilmastonmuutos, jonka vaikutukset Puruveden vesistössä muodostavat ympäristöolosuhteiden muuttuessa todellisen uhkatekijän vesistön moninaiskäytölle ja vesiluonnolle mm. arvokkaan Saimaan nieriän ja järvikutuisen harjuksen esiintymiselle. Tarvitaan aktiivisia ponnisteluita ilmastonmuutoksen vaikutusten hillitsemiseksi ja Puruveden erinomaisen tilan säilyttämiseksi. 

Juuri  päättymässä oleva  EU-Life  -hanke on tehnyt arvokasta ja näkyvää työtä vesiensuojelun ja -kunnostuksen saralla Puruvedellä nuhrautumisen pysäyttämiseksi ja nykytilan turvaamiseksi jopa parantamiseksi, mutta paljon on jäänyt tekemättä ottaen huomioon tämän Saimaan osa-altaan valuma-alueen laajuus.