Varsinais-Suomessa lähijunaliikenne voidaan käynnistää neljällä suunnalla Turusta Uuteenkaupunkiin, Loimaalle, Saloon ja Naantaliin. Turun ja Loimaan välinen lähijunaliikenne on mahdollista järjestää myös kaukoliikenteen vuoroja lisäämällä ja Raision sekä Naantalin suunnan raideliikenne voi alkaa jatkamalla Helsingistä tai Tampereelta tulevia kaukojunia Naantaliin asti. Turun ja Naantalin välinen taajama- tai lähijunaliikenne edellyttää investointeja raiteiden perusparantamiseen ja sähköistämiseen. Turun ja Uudenkaupungin välillä raiteiden sähköistys on jo toteutettu. Yhteysvälillä Salo—Turku—Naantali on selvitysten mukaan mahdollista päästä lähes miljoonaan matkaan vuodessa.  

Alueellista junaliikennettä tuetaan Helsingin, Tampereen, Lahden, Kouvolan ja Kotkan muodostamalla alueella. Valtio on päättänyt tukea henkilöjunaliikenteen aloittamista lisäksi Rauman ja Tampereen välillä vuodesta 2027 alkaen. Alueellisen junaliikenteen uudistaminen on tehtävä niin, että liikenteen aloittaminen mahdollistetaan valtion tuella myös Varsinais-Suomessa.