Määräraha terveydenhuollon yksiköille yliopistotasoiseen tutkimukseen sekä sosiaalityön yliopistotasoiseen tutkimukseen on vähentynyt tuntuvasti, sillä vuosituhannen vaihteessa se oli vielä noin 90 milj. euroa ja vuosina 2009—2011 se oli 40 milj. euroa. Saadun selvityksen mukaan samanaikaisesti kansallinen tutkimus-, kehittämis- ja innovaatiotoiminnan rahoituksen määrä on kasvanut ja tutkimuksen rahoitus koostuu yhä enemmän ulkopuolisesta tutkimusrahoituksesta. Samalla tutkimuksen kustannukset ovat kasvaneet. Esimerkiksi HUSin tekemän selvityksen mukaan epäsuorien kulujen osuus tutkimuksen ja opetuksen kokonaisuudessa on 2/3 kokonaiskuluista. Epäsuorien kulujen näkymättömyys on ollut tähän asti mahdollista, kun kunnat ovat rahoittaneet hoitoa ja tutkimusta, mutta uudessa sote-rakenteessa tilanne on toisenlainen. 

Eduskunta on useissa eri yhteyksissä ollut huolissaan siitä, miten tutkimusrahoituksen riittävyys ja pitkäjänteisyys jatkossa varmistetaan. Sinänsä hyvinvointialueille siirtyy myös kuntien ja sairaanhoitopiirien nykyisin sosiaali- ja terveydenhuollon TKI-toimintaan käyttämä rahoitus siltä osin kuin se on kirjautunut sosiaali- ja terveydenhuollon kustannuksiin. Muun muassa hyvinvointialueiden rahoituksen yleiskatteellisuus lisää kuitenkin huolta rahoituksen jatkuvuudesta ja sen tasosta. 

Hyväksyessään hyvinvointialueiden perustamista ym. koskevan hallituksen esityksen eduskunta edellytti, että sosiaali- ja terveydenhuollon koulutus-, tutkimus-, kehittämis- ja innovaatiotoiminta ja niiden rahoitusta koskeva erillislainsäädäntö saatetaan eduskunnan käsittelyyn siten, että se tulee voimaan viimeistään ennen sosiaali- ja terveyspalveluiden uudistuksen toimeenpanoa. Hallituksen on turvattava yliopistollisten sairaaloiden mahdollisuus tehdä edelleen tieteellistä tutkimusta ja tuottaa alan perus- ja erikoistumiskoulutusta. Lisäksi eduskunta edellytti, että sosiaalihuollon tutkimusrahoituksen taso turvataan ja sosiaalihuoltoon luodaan yliopistosairaaloita vastaavan kaltaiset, palvelujen kehittämistä, tutkimusta ja koulutusta tukevat toimintarakenteet. 

Tutkimus on olennainen osa yliopistollisten sairaaloiden toimintaa ja tarjoamaa hoitoa ja sen määrärahojen riittävästä tasosta huolehtiminen on täysin välttämätöntä. Terveydenhuollon yksiköille yliopistotasoiseen tutkimukseen sekä sosiaalityön yliopistotasoiseen tutkimukseen myönnettävä määräraha on saatava kasvu-uralle.