Yhdistetty patenttituomioistuin liittyy tiiviimmässä yhteistyössä EU:n 25 jäsenvaltion kesken sovittuun eurooppalaiseen patenttijärjestelmäuudistukseen, jonka myötä eurooppapatentille voidaan rekisteröidä yhtenäinen suoja. Eduskunta hyväksyi 8.12.2015 sopimuksen yhdistetystä patenttituomioistuimesta, sopimuksen voimaansaattamislain ja sopimuksen hyväksymisestä johtuvat kansalliset lakimuutokset sekä sopimuksen väliaikaisen soveltamisen (EV 68/2015 vp — HE 45/2015 vp). Suomi ratifioi yhdistetystä patenttituomioistuimesta tehdyn sopimuksen 19.1.2016. Sopimus ei ole vielä tullut kansainvälisesti voimaan. Eurooppalaisen patenttijärjestelmäuudistuksen voimaantuloa ovat viivästyttäneet erityisesti Ison-Britannian päätös erota Euroopan unionista sekä Saksan patenttituomioistuinsopimusta koskevan kansallisen ratifiointiprosessin viivästyminen.
Suomeen on päätetty myös perustaa yhdistetyn patenttituomioistuimen ensimmäisen asteen paikallisjaosto, jota koskevan lain eduskunta hyväksyi 28.10.2016 (EV 127/2016 vp — HE 87/2016 vp). Paikallisjaosto tulee sijaitsemaan Helsingissä, samoissa tiloissa kuin markkinaoikeus. Paikallisjaoston perustaminen Suomeen mahdollistaa eurooppapatenttia koskevan riidan käsittelemisen Suomessa sekä oikeuden käymisen suomen ja ruotsin kielellä.
Hallituksen esitys koskee yhdistetyn patenttituomioistuimen erioikeuksista ja vapauksista tehtyä pöytäkirjaa, jossa määrätään yhdistetylle patenttituomioistuimelle, ml. sen paikallisjaostoille, myönnettävistä erioikeuksista ja vapauksista, jotka ovat tarpeellisia tuomioistuimen tehtävien riippumattoman hoitamisen kanssa. Pöytäkirjan hyväksyminen edellyttää eduskunnan hyväksyntää, sillä pöytäkirjan erioikeuksia ja vapauksia koskevat määräykset kuuluvat lainsäädännön alaan.
Hallituksen esityksestä ilmenee, että nämä erioikeudet ja vapaudet koskevat muun muassa tuomioistuimen loukkaamattomuutta, tuomioistuimen ja sen omaisuuden koskemattomuutta, lainkäytöllistä koskemattomuutta, verovapautuksia sekä tuomioistuimen tuomareiden, kirjaajan ja henkilöstön erioikeuksia ja vapauksia. Ulkoasiainvaliokunnan kuulemien asiantuntijoiden mukaan pöytäkirjassa myönnetyt erioikeudet ja vapaudet vastaavat kansainvälisille järjestöille ja niiden palveluksessa olevalle henkilöstölle tavanomaisesti myönnettäviä erioikeuksia ja vapauksia. Asiantuntijat tähdensivät, ettei pöytäkirjalla määrättäviä erioikeuksia ja vapauksia ole tarkoitettu niiden saajien henkilökohtaiseksi eduksi, vaan niiden tarkoituksena on yksinomaan palvella tuomioistuimen etua ja erityisesti varmistaa kaikissa olosuhteissa tuomioistuimen toimintavapaus ja erioikeuksista ja vapauksista nauttivien henkilöiden täydellinen riippumattomuus.
Ulkoasiainvaliokunnan kuulemat asiantuntijat arvioivat, ettei pöytäkirjan kansallisella voimaansaattamisella ole merkittäviä taloudellisia vaikutuksia. Pöytäkirja sisältää joitakin verovapauksia tuomioistuimelle ja sen tuomareille, kirjaajalle ja henkilöstölle. Erioikeudet ja vapaudet koskisivat käytännössä hyvin rajattua henkilöpiiriä. Pöytäkirja antaa sen osapuolille myös mahdollisuuden rajoittaa tuomioistuimen henkilöstölle myönnettävien verovapauksien henkilöpiiriä niin, että ne eivät koskisi Suomen kansalaisia tai henkilöä, joka välittömästi ennen palvelussuhdettaan tuomioistuimessa asui jo Suomessa. Saadun selvityksen mukaan Suomen on tarkoitus olla ulottamatta näitä verovapauksia kyseisiin henkilöihin, ja asiasta otettaisiin myös nimenomainen säännös pöytäkirjan voimaansaattamislakiin. Valiokunta pitää tätä rajausta perusteltuna.