Metsätalous muuttaa paikallista luontoa ja aiheuttaa myös laajempia vaikutuksia ympäristöön. Puuston korjaaminen ja maanmuokkaus muuttavat paitsi alueen kasvillisuutta myös maaperää ja vesistöjä. Metsätalous aiheuttaa muutoksia aineiden kiertokulkuun, jossa ne sitoutuvat ja vapautuvat liikkeelle ilmassa, maassa ja vesistöissä. Näiden aineiden joukossa on myös ihmiselle ja ympäröivälle luonnolle haitallisia ja vaarallisia aineita, kuten raskasmetalleja.
Kun metsää kaadetaan ja maata muokataan, lähtee maapohjan humuskerros liikkeelle ja ajautuu vesistöihin. Erityisen haitallisia ovat ojitukset, etenkin turvemailla. Ojitukset saavat maaperään sitoutuneet aineet liikkeelle ja valumaan läheisiin vesiin humuksen mukana. Tätä kautta metsätalous vaikuttaa esimerkiksi vesistöjen kalakantoihin ja kalastukseen.
Humuksen mukana kulkeutuu vesistöihin elohopeaa. Maaperässä oleva elohopea, joka on kertynyt joko luontaisesti tai ihmisen toiminnan myötä, muuttuu etenkin vesistöissä bakteeritoiminnan seurauksena ihmiselle ja muulle elävälle luonnolle vaaralliseksi metyylielohopeaksi. Metyylielohopea rikastuu ravintoketjussa ja kertyy siksi vesistöissä petokaloihin. Ruokavirasto suositteleekin, että sisävesistä pyydetyn hauen syöntiä rajoitetaan. Raskaana oleville hauen syöntiä ei suositella lainkaan. Myös muiden sisävesien petokalojen syöntiä säännöllisesti kehotetaan vähentämään.
Edelleen paikoin saadaan tietoa vesistöistä, joissa kalojen elohopeapitoisuus ylittää EU:n asettaman enimmäismäärän. Esimerkiksi ELY-keskuksen Kaakkois-Suomen vesistöistä vuosina 2012—2014 teettämässä tutkimuksessa havaittiin ahvenessa enimmäispitoisuuden (0,5 mg/kg) ylittäviä pitoisuuksia viidessä eri vesistössä ja lievemmän ympäristölaatunormin (0,2—0,25 mg/kg vesistöstä riippuen) ylittävä keskiarvo 15 vesistössä. Vuosina 2012—2014 Pohjois-Savon järvistä tehdyssä vastaavassa tarkastelussa ympäristölaatunormin ylitti 19 vesistöä ja kymmenestä vesistöstä tavattiin ahvenia, joiden elohopeapitoisuus ylitti EU:n enimmäismäärän.
Tietoa kalojen elohopeapitoisuuksista on saatavilla usein vain pistemäisesti, ja usein tutkitaan ainoastaan petokalojen elohopeapitoisuuksia. Tiedon lisääminen Suomen vesistöjen elohopeakuormasta ja vaikutuksesta kalakantoihin olisi tarpeen.
Ojitettujen soiden ja turvemaiden ala Suomessa on valtaisa. Suomen yhteensä n. 8,7 miljoonan hehtaarin suoalasta yli puolet, 4,7 miljoonaa hehtaaria, on ojitettu. Uusia ojituksia tehdään menneisiin vuosikymmeniin verrattuna merkittävästi vähemmän, mutta ojia kunnostetaan ja ylläpidetään. Tämä ylläpitää muiden haitallisten ympäristövaikutusten ohella myös vesistöjen elohopeakuormitusta. Vesistöjen elohopea haittaa kaloja ja estää kalastusta sekä kalan käyttöä ravinnoksi.